FASTQ

释义 Definition

FASTQ（常写作 fastq）是一种用于存储高通量测序（如 Illumina）产生的序列读段（reads）的文本文件格式。它同时包含每条序列的碱基序列以及对应每个碱基的质量分数（quality scores）。

发音 Pronunciation (IPA)

/ˈfæstˌkjuː/

例句 Examples

I saved the reads in a FASTQ file.
我把测序读段保存到了一个 FASTQ 文件里。

After trimming adapters, we aligned the FASTQ reads to the reference genome and filtered low-quality bases using the quality scores.
去除接头序列后，我们将 FASTQ 读段比对到参考基因组，并利用质量分数过滤掉低质量的碱基。

词源 Etymology

FASTQ 的名称来自 FASTA（一种常见的序列格式）加上字母 Q（Quality，质量），强调它在保存序列的同时，也保存每个碱基的质量信息。

文学与作品 Literary Works

《Bioinformatics Data Skills: Reproducible and Robust Research with Open Source Tools》（涉及 FASTQ、FASTA 等常用数据格式与处理流程）
《RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach》（常用 FASTQ 作为 RNA 测序原始数据输入格式）
Cock, P. J. A., et al. “The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants.” Nucleic Acids Research（讨论 FASTQ 及其变体与质量分数编码）